《锦衣之下》任嘉伦在古偶剧中难得一见的he结局，粉丝们要好好珍惜。
故事发生在嘉靖年间，严嵩陷害首辅夏然，导致夏然被冤杀，严嵩父子自此掌握朝政大权。兵部沿海布防图失窃，锦衣卫指挥使陆绎奉命调查。他发现曹昆有重大嫌疑，与此同时，六扇门捕快袁今夏也准备接手曹昆案。
陆绎突然出现表示尸体并非曹昆，并将案子移交给锦衣卫，袁今夏对此表示不满，两人因此结怨。袁今夏与杨岳找到了此案的关键人物李旦，得知了曹昆的下落。然而，正当袁今夏找到曹昆，即将揭露真相时，曹昆却被黑衣人杀害。
今夏通过查验尸体搜集到的线索找到了布防图，陆绎猜测曹昆一案与东南的倭寇有关，于是南下继续深入调查。陆绎和袁今夏结伴坐船前往扬州继续查案，上船后发现他们要押送的重要物品丢失了，此时水面上漂来一艘闪着诡异灯火的鬼船。
两人登上鬼船进行调查，发现船上的血迹与痕迹都是人为制造的，最终找出了幕后黑手。好不容易找回了丢失的重要物品，朝廷拨下的十万两修河款又丢了，陆绎和袁今夏开始寻找官银。
他们顺藤摸瓜继续调查，然而这是一个陷阱，就在二人即将查明真相之时，严世蕃突然出现，反将犯人抓获，并带走了修河款。陆绎和袁今夏为了查探倭寇误入一个村子，村子里的村民都患上了怪病。两人查到一口古井前，跳下去后发现内有乾坤。
事后陆绎收到父亲的来信，让他调查丹药一事，于是两人出发前往丹青阁查案。丹青阁的元明大师请求陆绎多宽限几日，陆绎答应容他一日，不料在此期间竟被元明大师迷晕。醒来后的陆绎变成了心智只有八岁的孩童，后来又因一场小意外恢复了神智，揭穿了元明大师炼制长生不老丹药的阴谋。
林菱从袁今夏养母那得知袁今夏正是自己姐姐的女儿，陆绎知道此事后大受打击，原来袁今夏是夏家的后人，而陆绎的父亲正是当年致夏家破人亡的罪魁祸首之一。陆绎痛苦不堪。
陆绎在调查中发现严世蕃竟在此地假扮司马大人，还与倭寇私通。与此同时，他收到蓝青玄的一封信，得知严嵩弹劾了于大勇，陆绎知道于大勇只是一心打仗的勇士，决定帮助他一同去岑港抗倭守城。
严世蕃意外得知了袁今夏的身世，设计抓走了她，还对她用了刑。陆绎为了知道袁今夏的下落，任由严世蕃羞辱他，还向严世蕃跪下才得以求得袁今夏的消息，众人将袁今夏救出。
林菱与袁今夏也终于得知与陆家的血海深仇。陆绎的父亲见到袁今夏后表示悔过，将昭雪书和一能给严家下套的图纸分别交予袁今夏和陆绎后就咽了气。蓝青玄为帮助陆绎彻底扳倒严家，选择自刎身亡。
皇上得知严世蕃逼死了蓝青玄后，下令让陆绎严查此案，陆绎拿出陆廷生前交给他的图纸，皇上大怒，当即下令将严世蕃立斩于世。严世蕃死后，陆绎在皇上设宴时公然拿出夏家的昭雪书，皇上大怒，将陆绎革职抄家入狱。
最后皇上看在陆廷当年救他一命的份上放了陆绎，陆绎和袁今夏终成眷属。